不良債権や譲渡済みの債権は原則ファクタリングで利用できません。

ファクタリングが利用出来ない売掛金とは？

ファクタリングは、返済遅延を起こしていたり、すでに売掛先が破綻している不良債権は買取不可能です。
ノンリコース（償還請求権なし）の条件が主流で、契約した後に売掛先が破綻しても弁済義務はありませんが、契約時点で不良債権になっている場合は如何なる理由でも対応できません。

ファクタリング会社は不良債権を回収するノウハウを持っていますが、債権回収業者ではありません。
自力での回収が厳しいと判断すれば債権回収業者に売却して損失を出すケースもあります。
ファクタリングの手数料が高いと感じるかもしれないですが、ファクタリング会社はノンリコース契約による損失リスクを踏まえた手数料設定を行い、一定割合で損失を出しています。

不良債権はどう処理すればいいの？

不良債権は以下の対処方法があります。

1. 泣き寝入り(全損で諦める)
2. 個別に交渉、取り立てする
3. 弁護士等に相談して訴訟手続きする
4. 債権買取業者に売却する

債権買取業者に売るのが手っ取り早いと思うかもしれないですが、不良債権は大幅に割引されてしまいます。
また、一般企業の単発による買取相談は金融機関の大口に比べて条件が下がりやすいです。
金額や売掛先の会社が存続しているかなど状況によって最適な解決方法は変わりますが、多くのケースでは手間や回収に費やすコストがネックになって泣き寝入りしています。
中小企業の取引では、不良債権になると回収するのが困難になるため、不安のある売掛金は前もってノンリコース契約のファクタリングをするなど保全しておくのが理想です。

他のファクタリング会社を利用していると買取できない？

複数の売掛先を持っている場合でも、この売掛金はA社、こっちはB社など複数のファクタリング会社を使い分けるのは難しいです。

ファクタリングは、利用企業が倒産しても売掛金を他の債権者よりも優先して回収できるように債権譲渡登記をするのが一般的です。
債権譲渡登記は法人登記は別で、個別に情報開示を申請しないと閲覧できません。(売掛先に見られることはほぼない)
また、第三者が債権譲渡登記を見ても、どこの企業の売掛債権を登記したかや金額の詳細は分かりません。

たとえばファクタリング会社A社で債権譲渡登記をしていて、ファクタリング会社B社に違う売掛金の買取相談をした場合でも、詳細が分からないため、売却しようとしている売掛金がすでに債権譲渡登記しているものだと疑われてしまいます。
申込企業が債権譲渡登記の詳細を開示すれば、問題ないことを証明できますが、債権譲渡登記する業者が複数社あると既存で利用しているファクタリング会社から指摘されることもあります。
つまり、債権譲渡登記を伴うファクタリングの場合は、複数の売掛先があっても1社にまとめて相談するのがセオリーです。
他のファクタリング会社を使っている場合でも、まとめて乗り換えれば他の業者を使う上で問題は出ません。